baccarat online - Bấm để vào nền tảng trang web chính thức

timsTOF SCP

TimsTOF SCP dành cho nghiên cứu sinh học tế bào đơn định lượng với 4D-Proteomics™ đơn tế bào sâu, không bị lệch, miễn dịch, biểu sinh và phân tích PTM để bổ sung cho scRNA-seq. Mở rộng nghiên cứu tế bào đơn lẻ.

Danh mục: Brand:

Định nghĩa lại proteomics đơn bào

Quang học ion tiên tiến và PASEF để nghiên cứu tính không đồng nhất của tế bào và sinh học từ một tế bào đơn lẻ
Protein khối phổ đã trở thành một yếu tố chính của nghiên cứu hiện đại nhằm tìm hiểu chức năng sinh học và cơ chế bệnh tật. Các mô khỏe mạnh hoặc bị bệnh có vẻ đồng nhất bao gồm các tế bào với nhiều loại protein khác nhau. Thách thức giải mã các proteome trong mỗi tế bào đơn lẻ – tính không đồng nhất của tế bào – nắm giữ chìa khóa để hiểu đầy đủ chức năng của nó.
TimsTOF SCP đưa ra khái niệm nguồn ion được cải tiến triệt để. Kết hợp với phân mảnh nối tiếp tích lũy song song (PASEF ®), nó cung cấp tốc độ và độ nhạy cực cao để xử lý các hệ protein của các tế bào đơn lẻ hoặc đăng các sửa đổi tịnh tiến trong một vài tế bào tương tự về mặt hình thái hoặc chức năng.

Chuyển ion được cải thiện triệt để

TimsTOF SCP có dạng hình học nguồn ion được sửa đổi bao gồm nhận dạng mao dẫn 1 mm để truyền ion cao hơn năm lần vào một phễu ion giai đoạn áp suất cao hơn bổ sung và hệ thống chân không được bơm khác biệt 8 giai đoạn.

Mao quản lớn hơn mang lại độ nhạy cực cao và phản xạ ion trực giao bổ sung và phễu tiếp theo cung cấp một giai đoạn được bơm khác biệt, riêng biệt, duy trì độ bền của hệ thống như mong đợi từ loạt thiết bị timsTOF.

Những cải tiến đáng kể về hiệu suất proteomics

TimsTOF SCP cung cấp các cải tiến trong việc truyền ion vào nguồn trong khi vẫn duy trì độ bền với tầng chân không áp suất cao hơn được bổ sung. Điều này dẫn đến cải thiện gần 5 lần dòng ion. Khi kết hợp với phương pháp Evosep One Whisper chạy ở tốc độ dòng chảy 100 nL/phút và đường kính

Phương pháp PASEF, đạt được mức tăng độ nhạy khoảng 100 lần so với các kết quả lưu lượng cao trước đó với Evosep One. Điều này cho phép proteomics không thiên vị ở cấp độ tế bào đơn thực sự với khả năng tái tạo tốt, mạnh mẽ và lần đầu tiên bao phủ khoảng 1500 protein trên mỗi tế bào.

Dual-TIMS, phân tích hỗ trợ CCS

Phép đo phổ di động ion bị bẫy (TIMS) trước hết là một kỹ thuật tách trong pha khí. Điều này giải quyết độ phức tạp của mẫu thông qua một chiều phân tách bổ sung bên cạnh sắc ký lỏng hiệu năng cao (HPLC) và phép đo khối phổ, tăng công suất cực đại và độ tin cậy trong đặc tính của hợp chất.

Quan trọng không kém, thiết bị TIMS cũng tích lũy và tập trung các ion có khối lượng và tính di động nhất định, cho phép tăng độ nhạy và tốc độ độc đáo.
Có thể đạt được chu kỳ làm việc gần 100% nhờ công nghệ TIMS kép tạo điều kiện tích tụ ở phần phía trước, trong khi các ion ở phần phía sau được giải phóng tuần tự tùy thuộc vào tính di động của chúng. Quá trình phân mảnh nối tiếp tích lũy song song này (PASEF ®) cho phép phân tích mặt cắt va chạm (CCS).

Phân tích hỗ trợ CCS mở ra nhiều khả năng phân tích hơn nữa, từ nhận dạng hợp chất chắc chắn hơn đến so khớp thư viện đáng tin cậy và tỷ lệ phát hiện sai (FDR) thấp hơn trong các bộ dữ liệu lớn.

Lý tưởng cho miễn dịch và các quy trình khác

Bên cạnh các ứng dụng proteomics tế bào đơn thực sự không thiên vị, timsTOF SCP cũng mang lại độ nhạy vượt trội cho các quy trình công việc liên quan đến việc làm giàu peptide từ hệ protein. Các nghiên cứu về miễn dịch học bắt đầu bằng việc tinh chế các immunopeptide từ huyết tương hoặc mô.

Vì các immunopeptide hiện diện với số lượng tương đối thấp trong các mẫu này, nên timsTOF SCP là lý tưởng cho các thuốc miễn dịch để phát hiện kháng nguyên mới trong đó vật liệu có sẵn bị hạn chế, chẳng hạn như trong sinh thiết bằng kim. TimsTOF SCP cũng có độ nhạy để cách mạng hóa việc sử dụng phosphoproteomics để nghiên cứu các con đường truyền tín hiệu trong bệnh ung thư.

PASEF®

Các ion peptit được phân tách bằng phép đo phổ di động ion bị bẫy (TIMS), rửa giải (~ 100 ms) và được phát hiện trong thời gian bay tứ cực (QTOF), tạo bản đồ nhiệt TIMS MS. Trong phương pháp PASEF ® , quá trình phân tách TIMS tương tự được sử dụng với tứ cực phân lập một loại ion nhất định trong quá trình rửa giải và ngay lập tức chuyển sang tiền chất tiếp theo. Phổ cha mẹ và mảnh được căn chỉnh bởi các giá trị di động.

Công nghệ phân mảnh nối tiếp tích lũy song song (PASEF ® ) đạt được tốc độ giải trình tự >100 Hz. Sử dụng PASEF ® làm tăng chất lượng quang phổ MS/MS của các peptide có hàm lượng thấp bằng cách chọn chúng nhiều lần.

PASEF ® : sự phù hợp hoàn hảo cho shotgun proteomics
TimsTOF SCP được cung cấp bởi PASEF ® cung cấp tốc độ giải trình tự >100 Hz mà không làm giảm độ nhạy hoặc độ phân giải. Điều này đạt được bằng cách đồng bộ hóa cửa sổ khối cách ly tứ cực với thời gian rửa giải của các gói peptit cụ thể từ phễu TIMS cũng như năng lượng va chạm trong tế bào va chạm.

Độ nhạy cực cao
Thiết kế đột phá của dạng hình học nguồn ion mới cho khả năng truyền ion cao hơn tới năm lần và độ bền cực cao.
Tính toàn vẹn của dữ liệu
Thu thập dữ liệu độc lập–phân mảnh nối tiếp tích lũy song song (dia-PASEF) đẩy các giới hạn của định lượng tái tạo để mở đường nghiên cứu tính không đồng nhất của tế bào ở quy mô lớn.
Tốc độ thu thập
Tốc độ thu thập cao kết hợp với độ nhạy dia-PASEF cho phép phân tích ở tốc độ chạy sắc ký lỏng (LC) ngắn mà không cần pha loãng sắc ký với lượng mẫu rất thấp.
Mạnh mẽ
Phản xạ trực giao kép vào phép đo quang phổ di động ion bị bẫy (TIMS) cho phép vận hành thường xuyên trên hàng nghìn mẫu mà không cần vệ sinh thiết bị.

Bruker ProteoScape Run & Done – kiểm soát chất lượng thời gian thực để phân tích tế bào đơn không bị lệch

TimsTOF SCP cho phép phân tích hàng trăm mẫu với tải trọng mẫu tối thiểu (<200 ng) ở tốc độ giải trình tự vượt quá 100 Hz và với độ sâu proteomic không thỏa hiệp. Điều này đã thay đổi cách nghiên cứu proteomics, nhưng dữ liệu tăng lên đòi hỏi một cấp độ phân tích dữ liệu mới.

Phân tích dữ liệu là một nút cổ chai phổ biến trong nhiều quy trình công việc. Các phương pháp phân tích hiện đại dẫn đến hàng trăm dòng dữ liệu do timsTOF SCP tạo ra. Bruker đã giới thiệu khả năng tìm kiếm cơ sở dữ liệu thời gian thực – công cụ tìm kiếm cơ sở dữ liệu song song trong thời gian thực (Bruker ProteoScape) loại bỏ rào cản này. Sử dụng Bruker ProteoScape, ngay sau khi hoàn thành quá trình chạy LC-MS, sẽ có kết quả – Chạy & Xong một cách hiệu quả.

Xử lý phần mềm proteomics tiên tiến

Định dạng dữ liệu tệp mở cho phép các nhà nghiên cứu làm việc trực tiếp với dữ liệu thô và sử dụng phần mềm hàng đầu trong ngành mà họ lựa chọn.

Phần mềm MaxQuant đã được điều chỉnh để quản lý các tính năng 4 chiều (4D) trong không gian được kéo dài theo thời gian lưu, độ linh động của ion, khối lượng và cường độ tín hiệu. Điều này có lợi cho việc xác định và định lượng peptide, protein và sửa đổi sau dịch mã, cả từ dữ liệu PASEF ® và dia-PASEF ® .

PEAKS Studio kết hợp giải trình tự de novo với tìm kiếm cơ sở dữ liệu truyền thống và được tối ưu hóa để xử lý dữ liệu thô timsTOF.

Số lượng giải pháp phần mềm xử lý proteomics tiên tiến đọc dữ liệu thô timsTOF đang tăng lên đều đặn, bao gồm phần mềm Spectronaut và SpectroMine của Biognosys cũng như phần mềm từ Skyline, Genedata, Protein Metrics, Mascot Distiller từ Matrix Science, DIA-NN và MSFragger.

4D-Proteomics độ nhạy cực cao với dia-PASEF

Phân tích hỗ trợ CCS để nhận dạng tin cậy
timsControl cho phép tùy chỉnh sơ đồ dia-PASEF để tập trung vào các ion quan tâm. Việc điều chỉnh độ rộng cách ly khối lượng, phạm vi TIMS và thời gian chu kỳ cho phép dia-PASEF thích ứng với các phương pháp sắc ký khác nhau.

Kết hợp sắc ký lỏng lưu lượng thấp trên hệ thống Evosep One với Whisper với độ nhạy cao của dia-PASEF trên timsTOF SCP, hơn 2000 protein được xác định từ 500 pg tiêu hóa tế bào và 1500 protein được xác định từ 250 pg, chứng tỏ độ nhạy cần thiết cho proteomics tế bào đơn thực sự. Các protein được xác định từ 250 pg bao phủ phạm vi phong phú khoảng 4 bậc độ lớn, cho phép phân tích định lượng hệ protein ở cấp độ tế bào đơn lẻ.

Khám phá môi trường vi mô khối u

Hiểu về TME cùng với các tế bào miễn dịch xâm nhập của nó có thể được coi là một bước quan trọng để ảnh hưởng đến sự tiến triển của bệnh, đáp ứng điều trị và sự sống sót của bệnh nhân. Do độ nhạy cao của nó, timsTOF SCP cho phép đủ độ sâu của hệ protein trên các tế bào được cắt bỏ bằng vi phẫu bắt tia laser (LMD) từ các mẫu mô FFPE. Một quy trình công việc điển hình được hiển thị trong hình bên phải.

Các dấu hiệu tế bào đã được sử dụng để xác định các tế bào ung thư khối u ác tính trong khối u và những tế bào có liên quan chặt chẽ với chất nền để phân lập sau đó cả hai quần thể bằng LMD và phân tích 4D-Proteomics không bị lệch trên thiết bị SCP timsTOF.